Το θέμα του διαχωρισμού κράτους-εκκλησίας με αναθεώρηση του Συντάγματος επανέφερε ο πρώην υπουργός Παιδείας Νίκος Φίλης τασσόμενος απόλυτα υπέρ της αλλαγής αυτής. Ωστόσο επισήμανε ότι «δεν πρέπει να γίνει πογκρόμ (σ.σ. κατά της Εκκλησίας) αλλά να είναι διακριτοί ρόλοι».
Αναρωτήθηκε, μάλιστα, «είναι δυνατόν το Σύνταγμα να έχει αναφορά στην Αγία Τριάδα στην επικεφαλίδα του; Αυτό είναι κατάλοιπο άλλης εποχής που γινόταν αναφορά στον Βασιλέα».
Κληθείς να σχολίασει όλα όσα είχαν συμβεί και οδήγησαν στην αποπομπή του από τη θέση του υπουργού Παιδείας ο κ. Φίλης δήλωσε ότι τότε «ο πρωθυπουργός έκανε την επιλογή του που υπαγόρευσε δημοσίως ο Αρχιεπίσκοπος» συμπληρώνοντας πως «η κυβέρνηση ήθελε τότε μια ηρεμία σε σχέση με την Εκκλησία. Ήταν επιλογή απάντησης στην επιθετικότητα της κυβέρνησης». «Σε άλλες περιπτώσεις έχουμε το άλλοθι της Τρόικας, δεν μπορούμε να έχουμε το άλλοθι του Ιερώνυμου στην Ελλάδα» όπως ανέφερε χαρακτηριστικά.
Μιλώντας στην ΕΡΤ1 για την απόφαση του Συμβουλίου της Επικρατείας που έκρινε αντισυνταγματικές τις αλλαγές που είχε κάνει στο μάθημα των Θρησκευτικών ισχυρίστηκε πως «ήταν εκτός Συντάγματος» συμπληρώνοντας ότι «το Σύνταγμα μιλάει για θρησκευτική συνείδηση» και ότι «η πλειοψηφία των Ελλήνων πιστεύει ότι το σχολείο δεν κατηχητικό». «Το ΣτΕ το σεβόμαστε, πρέπει κι αυτό να σέβεται το Σύνταγμα όμως. Καμία απόφαση που βεβαίως οι αποφάσεις πάντοτε εφαρμόζονται, δεν είναι υπεράνω κριτικής. Δεν συνομιλεί με τον Θεό ο κύριος Σακελλαρίου, ο πρόεδρος του Συμβουλίου της Επικρατείας» δήλωσε ο βουλευτής του ΣΥΡΙΖΑ.
«Θέλουμε το μάθημα των Θρησκευτικών να έχει ένα χαρακτήρα πλουραλιστικό» πρόσθεσε.
Αναφορικά με το ζήτημα της εξωτερικής πολιτικής της κυβέρνησης και των δύο Ελλήνων στρατιωτικών ο κ. Φίλης επεσήμανε ότι «η γραμμή διατυπώνεται από τον πρωθυπουργό και τον υπουργό Εξωτερικών και όλοι οι άλλοι εκφράζουν προσωπική άποψη».
Εξέφρασε, δε, τη «βάσιμη ελπίδα ότι θα επιστρέψουν σύντομα στη χώρα οι δύο στρατιωτικοί» εξηγώντας πως το θέμα τους «είναι μικρό αλλά πολύ σημαντικό καθώς σημαντικότερη είναι η μεγαλύτερη εικόνα των διεθνών σχέσεων».