Την αντίθεσή του στο γάμο των ομόφυλων ζευγαριών εξέφρασε ο νέος μητροπολίτης Θεσσαλονίκης Φιλόθεος λέγοντας ότι ο γάμος «είναι σχέση ανδρός και γυναικός». Προσθέτει ότι τα ζητήματα που αφορούν στη σχέση τους «έχουν λυθεί με το σύμφωνο συμβίωσης».
Ως λανθασμένη επιλογή χαρακτήρισε ο Μητροπολίτης τη δυνατότητα τεκνoθεσίας σε ομόφυλα ζευγάρια
«Ο λόγος για τον οποίο προχωρεί η νομοθέτηση του πολιτικού γάμου των ομοφύλων ζευγαριών είναι για να δοθεί η δυνατότητα τεκνοθεσίας σε κάποια από αυτά τα ζευγάρια. Η ΔΙΣ διακήρυξε με σαφήνεια ότι αποτελεί λανθασμένη επιλογή και η Εκκλησία διαφωνεί σε αυτό που επιθυμεί να νομοθετήσει η πολιτεία» σημειώνει σε άλλο σημείο της τοποθέτησής του.
Ειδικότερα, σε συνέντευξη που παραχώρησε στη Δημοτική Τηλεόραση Θεσσαλονίκης, ο Μητροπολίτης υποστήριξε τα εξής:
«Η προσωπική μου θέση σχετικά με το γάμο των ομόφυλων ζευγαριών δεν μπορεί να διαφέρει από την θέση της αγιοτάτης Εκκλησίας της Ελλάδος, έτσι όπως διατυπώθηκε και από τη Διαρκή Ιερά Σύνοδο, χωρίς αυτό να έχει μια μορφή απαξίωσης προς τα πρόσωπα εκείνα που έχουν ένα συγκριμένο τρόπο ζωής ή κάποιες επιλογές αλλά έχει να κάνει με αυτό που Εκκλησία πάντοτε πίστευε, πιστεύει και θα διακηρύσσει. Ότι ο γάμος είναι σχέση ανδρός και γυναικός. Ασφαλώς η πολιτεία οφείλει να επιλύσει κάποια νομικά ζητήματα, που κατά καιρούς ανακύπτουν. Νομίζω ότι τα ζητήματα που αφορούν στη σχέση των δύο ανθρώπων έχουν λυθεί με το σύμφωνο συμβίωσης. Ο λόγος για τον οποίο προχωρεί η νομοθέτηση του πολιτικού γάμου των ομοφύλων ζευγαριών είναι για να δοθεί η δυνατότητα τεκνοθεσίας
σε κάποια από αυτά τα ζευγάρια. Η ΔΙΣ διακήρυξε με σαφήνεια ότι αποτελεί λανθασμένη επιλογή και η Εκκλησία διαφωνεί σε αυτό που επιθυμεί να νομοθετήσει η πολιτεία».