Δύο γεγονότα που έλαβαν χώρα τότε είχαν σαν αποτέλεσμα να γίνει άμεσα λαοφιλής. Θεράπευσε έναν δαιμονισμένο νεαρό κάτι που μαθεύτηκε πολύ γρήγορα και οι χωρικοί τότε τον επισκέφτηκαν ζητώντας του να κάνει λειτουργία και δέηση στον Θεό να βρέξει, γιατί είχε 3 χρόνια να βρέξει στο νησί με αποτέλεσμα να έχει προκληθεί εκτεταμένη ανομβρία και οικονομική ζημία.
Πράγματι λειτούργησε με σύσσωμη την παρουσία των νησιωτών, και την ίδια μέρα άρχισε να βρέχει. Αυτά, οι Αιγινίτες τα έλαβαν ως θεϊκά σημάδια με αποτέλεσμα να θεωρούν Άγιο τον Νεκτάριο, ακόμα και εν ζωή.
Επι 13 χρόνια αφοσιώθηκε στην καθοδήγηση των μοναχών, στην ανοικοδόμηση της μονής, στη συγγραφή και στην πνευματική και οικονομική στήριξη των αδυνάτων κατοίκων του νησιού.
Ο Άγιος συνέθεσε τον ύμνο «Αγνή Παρθένε Δέσποινα», ο οποίος θεωρείται απο τους πιο κατανυκτικούς της ορθοδοξίας. Η παράδοση θέλει την Παναγία να εμφανίζεται ενώπιον του Αγίου Νεκταρίου στο μοναστήρι της Αίγινας, και να του ζητάει να καταγράψει σε χαρτί τον ύμνο.
Οι χτύποι που ακούγονται ακόμη και σήμερα…
Μετά την Κοίμησή του (8 Νοεμβρίου 1920) ετάφη εκεί, κάτω από την σκιά ενός πεύκου που είχε φυτέψει ο ίδιος και που υπάρχει μέχρι σήμερα. Καθημερινά, δεκάδες πιστοί προσέρχονται στον τάφο του και πολλοί υποστηρίζουν ότι έχουν ακούσει τον Θαυματουργό Άγιο, να μετακινεί ή να χτυπάει από μέσα με τη Ράβδο του, υποδηλώνοντας με τον τρόπο αυτόν τη ζωντανή Παρουσία του ανάμεσά μας, ενώ το ίδιο Θαύμα συμβαίνει και στη Μεγάλη Εκκλησία του Αγίου όπου φυλάσσεται το χέρι του.
Δεν είναι λίγοι πάντως εκείνοι που μιλούν για αυθυποβολή των πιστών, αφού όσοι επισκέπτονται το Μοναστήρι γνωρίζουν την ιστορία με τους χτύπους και πηγαίνουν προετοιμασμένοι να τους ακούσουν και οι ίδιοι!
Μία προσωπική μαρτυρία…
Τα θαύματα του Αγίου είναι πολλά και δεν είναι λίγοι αυτοί που περνούν καθημερινά από το δωμάτιο που άφησε την τελευταία του πνοή στο Αρεταίειο για να προσευχηθούν και να ζητήσουν την βοήθειά του εκεί που καίει διαρκώς ένα καντήλι μπροστά στην εικόνα του.
Γνωστό είναι επίσης το προσκύνημα στην εκκλησία του Αγίου Νεκταρίου στην Καμάριζα του Λαυρίου όπου οι πιστοί κάνουν λόγο για αμέτρητα θαύματα.