Ένα εκ των θαυμάτων συνέβη όταν διήλθε από τον Ιορδάνη ο Ιησούς του Ναυή με την Κιβωτό, την οποία την κρατούσαν οι δώδεκα ιερείς.
Με εντολή του Ιησού του Ναυή μπήκαν οι ιερείς με την κιβωτό και τότε έγινε ένα θαύμα παράδοξο: Ο Ιορδάνης στράφηκε προς τα πίσω και απέμεινε τόσο νερό, όσο ήταν αρκετό για να βραχούν οι ιερείς μόνο μέχρι τον αστράγαλο. Και έτσι έμειναν τα νερά έως ότου πέρασαν όλοι οι Εβραίοι.
Όταν ο Προφήτης Ηλίας, πέρασε τον Ιορδάνη με τον Ελισσαίο, πάλι ο ποταμός έγινε σαν στεριά. Ο Προφήτης Ηλίας «χτύπησε» με την μηλωτή του τον ποταμό και άνοιξε στο μέσον του δρόμος, ώστε πέρασαν και οι δύο χωρίς να βραχούν.
Τότε ο Ηλίας ανελήφθη στους ουρανούς (ανέβηκε με άμαξα πύρινη και με τέσσερα άλογα πύρινα, ως εις τον ουρανόν), και άφησε την μηλωτή του στον Ελισσαίο. Προσπάθησε, λοιπόν, με την σειρά του κατόπιν ο Ελισσαίος να «χτυπήσει» τα νερά για να περάσει πάλι πίσω και δεν έγινε τίποτα. Τότε επικαλέστηκε τον Θεό του Ηλία και αμέσως επαναλήφθηκε το θαυμαστό αυτό γεγονός
Ένα ακόμα θαύμα, συνέβη όταν ένας στρατηγός του Βασιλιά της Συρίας, ο Νεεμάν, είχε λέπρα και πήγε στον Προφήτη Ελισσαίο να τον θεραπεύσει. Εκείνος, όμως, καθόλου δεν τον συνάντησε, αλλά του διεμήνυσε να πάει να λουστεί στον Ιορδάνη ποταμό και θα γίνει καλά. Αυτός θύμωσε αρχικά, για την αντιμετώπισή του από τον Προφήτη, αλλά στο τέλος υπάκουσε και έγινε πράγματι εντελώς καλά.
Κάποτε πήγαν ξυλοκόποι στην όχθη του Ιορδάνη, για να κόψουν ξύλα. Μεταξύ αυτών ήταν και ο Προφήτης Ελισσαίος. Εκεί, καθώς έκοβαν τα ξύλα ξεκόλλησε ο πέλεκυς από την λαβή και έπεσε το σιδερένιο μέρος του τσεκουριού στο ποτάμι μέσα. Τότε ο Προφήτης, πήρε την ξύλινη λαβή και την ακούμπησε στο χείλος του ποταμού και είπε: Δείξε θαύμα Θεέ μου.
Και αμέσως ξεπήδησε το σιδερένιο μέρος από το ποτάμι και μπήκε στο μέσο της λαβής, και έγινε ως Σταυρός. Σε ένα τροπάριο του κοσμά του Μελωδού αναφέρεται αυτό το θαύμα που ήταν η προτύπωση του Αγίου Βαπτίσματος, αλλά και του Τιμίου Σταυρού:
«Ο βυθώ κολπωσάμενος, τέμνουσαν ανέδωκεν Ιορδάνης ξύλω, τω Σταυρώ και το Βαπτίσματι, την τομήν της πλάνης τεκμαιρόμενος». Ο Ιορδάνης που δέχτηκε μέσα του το σίδερο που κόβει, πάλι το έδωσε πίσω στο ξύλο του, και όπως με το τσεκούρι κόβονται τα ξύλα έτσι με τη Δύναμη του Σταυρού και του Αγίου Βαπτίσματος κόπηκε η πλάνη και η αμαρτία,
Αλλά πολλά ακόμα θαύματα έγιναν, όπως ο Γεδεών ο Κριτής που πέρασε τον Ιορδάνη χωρίς να βραχεί ή και ο Ιακώβ ο υιός του Ισαάκ, ο αδελφός του Ησαύ, που και αυτός τον πέρασε με μία ράβδο, όπως λέει ο ίδιος «Εν γαρ τη ράβδω μου ταύτη διέβην τον Ιορδάνην».