Ο Άγιος Νεκτάριος άφησε την τελευταία του πνοή πριν από 98 χρόνια, στις 09 Νοεμβρίου του 1920. Μεγάλο μυστήριο παραμένει πάντα το γεγονός πως το λείψανό του παρά τις 3 ταφές και εκταφές παρέμεινε αναλλοίωτο για περισσότερο από 30 χρόνια, ενώ δεν είναι λίγες οι μαρτυρίες πιστών, οι οποίοι δηλώνουν ότι ακούν έναν χτύπο από τον τάφο του Αγίου.
Η ανακομιδή των λειψάνων του Αγίου Νεκταρίου έγινε στις 3 Σεπτεμβρίου του 1963. Αυτές είναι και οι δύο ημερομηνίες εορτασμού της μονής: στις 9 Νοεμβρίου (κοίμηση Αγίου Νεκταρίου) και στις 3 Σεπτεμβρίου (ανακομιδή Ι. Λειψάνων).
Μετά την Κοίμησή του, ο Άγιος Νεκτάριος ετάφη εκεί, κάτω από την σκιά ενός πεύκου, το οποίος είχε φυτέψει ο ίδιος και που υπάρχει μέχρι σήμερα.
Εκατοντάδες πιστοί επισκέπτονται το μοναστήρι καθημερινά και ακουμπούν το κεφάλι τους στον τάφο του αγίου, για να προσευχηθούν, αλλά και να ακούσουν τον χτύπο της ράβδου του.
Η παράδοση θέλει τον άγιο να μετακινεί ή να χτυπά την Ράβδο του μέσα από τον τάφο, για να φανερώσει την Αλήθεια, την ζωντανή παρουσία του.
Το φαινόμενο αυτό παρατηρείται από αρκετούς πιστούς, οι οποίοι έχουν καταγράψει και σχετικά θαύματα που τους έχουν συμβεί.