Είναι το μοναδικό πλοίο που έχει ναό στο κατάστρωμα. Δεν υπέστειλε ποτέ την ελληνική σημαία και δεν έχασε καμία μάχη. Ο Αγιος Νικόλαος θεωρείται ο προστάτης των ναυτικών, καθώς στον βίο του αναφέρονται θαύματα που έχουν σχέση με τη θάλασσα. Δεν είναι τυχαίο που στα πλοία, εμπορικά και πολεμικά, υπάρχει η εικόνα του. Στο θωρηκτό «Αβέρωφ» όμως βρίσκεται ένα εκκλησάκι αφιερωμένο στον Αγιο Νικόλαο. Για κάποιους αυτό προστάτευσε το πλοίο και ήταν ο λόγος που δεν έχασε ούτε μία μάχη. «Τα χριστιανικά αισθήματα της τότε ελληνικής κοινωνίας αλλά και οι προσωπικές πεποιθήσεις των αξιωματικών του Πολεμικού Ναυτικού και όχι μόνο του Π. Κουντουριώτη φρόντισαν ώστε στο νέο εύδρομο του στόλου, το θωρηκτό «Γ. Αβέρωφ», να υπάρχει εκκλησία επί του καταστρώματος, παρότι δεν προβλεπόταν από τα αρχικά σχέδια του πλοίου, τα οποία προσαρμόστηκαν κατόπιν σχετικής επιθυμίας και παραγγελίας του Πολεμικού Ναυτικού» εξηγεί ο αρχιμανδρίτης Ιουστίνος Μαρμαρινός, συνταγματάρχης (ΣΙ) ιερέας ΓΕΝ.
Το εκκλησάκι τοποθετήθηκε στο σημείο που ήταν σχεδιασμένη η πυριταποθήκη. Πρόκειται για το μοναδικό πολεμικό πλοίο με ναό και μάλιστα πάντοτε υπηρετούσε ιερέας, που ήταν ο τρίτος στην αρχαιότητα σε βαθμό. «Η Εκκλησία του Αγίου Νικολάου επέδρασε ουσιαστικά στην ψυχολογία του πληρώματος και συνετέλεσε στην επιτυχία της αποστολής του. Καθ’ όλη τη διάρκεια των Βαλκανικών Πολέμων, επέβαινε του πλοίου στρατιωτικός ιερέας ως κανονικό μέλος του πληρώματος και λειτουργούσε Κυριακές και γιορτές». Στο παρεκκλήσιο του Αγίου Νικολάου τελέσθηκαν και μυστήρια, όπως γάμοι και βαπτίσεις, ιδιαίτερα παιδιών ομογενών κατά τα ταξίδια του θωρηκτού στη βόρεια Αφρική.
Το σημάδι από το Θεό Ο Άγιος Νικόλαος πάντα προστάτευε το πλοίο, δηλώνουν μαρτυρίες. «Παραμονές της ναυμαχίας της Έλλης, ένας υποκελευστής καθάριζε το πλοίο με έναν κουβά. Μόλις τελείωσε, ξάπλωσε να κοιμηθεί και, όταν ξύπνησε, είδε συγκλονισμένος επάνω στον κουβά σχηματισμένο το πρόσωπο ενός Αγίου» περιγράφει ο κυβερνήτης του «Αβέρωφ» κ. Χαραλαμπόπουλος και συνεχίζει: «Η συγκίνηση όλων ήταν φανερή, κανείς δεν μπορούσε να αμφισβητήσει την εικόνα, ήταν πράγματι η μορφή ενός Αγίου. Συγκλονισμένοι, πήραν τον κουβά και πήγαν στον Κουντουριώτη, ο οποίος ήταν βαθιά θρησκευόμενος. Με δάκρυα στα μάτια, ο κυβερνήτης δήλωσε πως αυτό είναι ένα σημάδι από τον Θεό ότι θα κερδίσουμε τη μάχη. Και, όντως, έτσι έγινε. Γι’ αυτό και ο Κουντουριώτης διέταξε έπειτα από τη θριαμβευτική νίκη να γίνει λιτανεία. Κατόπιν, ο κουβάς τοποθετήθηκε στο εκκλησάκι. Ιερέας τότε ήταν ο Δάφνος, ο οποίος, όταν το 1915 έγινε Μητροπολίτης Σπάρτης, πήρε τον κουβά μαζί του. Το 1937 ο βασιλεύς πήγε επίσκεψη στη Σπάρτη και, όταν ο Μητροπολίτης του είπε την ιστορία, ο βασιλιάς του ζήτησε να γυρίσει τον κουβά στο πλοίο, όπου και ανήκει. Σήμερα μπορεί όποιος επιθυμεί να δει στο “Αβέρωφ” τον κουβά με τη μορφή του Αγίου». Αυτό ήταν ένα από τα θαύματα που καταγράφονται στο ημερολόγιο του πλοίου.
Το θαύμα της ασημένιας εικόνας Ακόμα μία μαρτυρία ωστόσο φανερώνει πως άλλη μία νίκη οφείλεται στη δύναμη της πίστης. Το 1942 ο Άγγλος διοικητής, ο οποίος ήταν υπεύθυνος για την περιοχή του Ινδικού Ωκεανού, κάλεσε τον κυβερνήτη του «Αβέρωφ» και του ζήτησε να συνοδεύσει 70 εμπορικά πλοία, λέγοντάς του μάλιστα πως, επειδή η απειλή είναι γνωστή, θα ήταν ικανοποιημένοι εάν κατάφερναν να φτάσουν τα μισά εμπορικά στον προορισμό τους. Ο κυβερνήτης του πλοίου εξιστορεί: «Λόγω της ζέστης, για να δροσιστούν, έβγαζαν τα στρώματα και κοιμόντουσαν στο κατάστρωμα. Μια νύχτα ο Παπανικολόπουλος είχε βγάλει το στρώμα του στην πρύμνη και κοιμόταν. Ξαφνικά, τον ξύπνησε ένας επαναλαμβανόμενος θόρυβος. Σηκώθηκε και είδε κάτι να ασημίζει μέσα στο νερό και να ακουμπάει στο πλοίο. Φώναξε στη γέφυρα να σταματήσουν και κατέβηκε ο ίδιος να κοιτάξει τι ήταν αυτό που προκαλούσε τον θόρυβο. Εκείνο που αντίκρισε ήταν μια ασημένια εικόνα του Αγίου Νικολάου, που με έναν ανεξήγητο τρόπο βρέθηκε στην θάλασσα και ακολουθούσε το πλοίο.
Όλο το πλήρωμα με βουρκωμένα μάτια έδειξε στον κυβερνήτη την εικόνα, ο οποίος αμέσως ζήτησε να γίνει λειτουργία και λιτανεία. Ο Άγιος Νικόλαος ήταν στο πλευρό τους.Έκαναν 3.500 μίλια και δεν χάθηκε ούτε ένα εμπορικό!